In het feodale Japan (ca. 1050-1875) was de rol van de keizer nog slechts formeel en hadden vele adellijke grootgrond-bezitters het voor het zeggen. Deze grootgrondbezitters, Daimyo’s genoemd, hadden ieder een eigen leger en vormde met familie en getrouwen van lagere adel een clan. Onderling bestonden vele twisten om uitbreiding van de macht. Iedere clan oefende voor de strijd en ontwikkelde vaak zijn eigen technieken en strategieën die streng geheimgehouden werden.
De nadruk lag op het gebruik van wapens, maar als noodzakelijke aanvulling hoorde ook het ongewapend vechten erbij.
Één van deze clans werd geleid door de Minamoto familie, een belangrijk adellijk geslacht, dat afstamt van de 56e keizer van Japan, Seiwa Tenno (859-876).
Behalve het trainen met wapens, hielden zij zich bezig met een oude vorm van Sumo, wat het principe van aiki (harmoniering van (innerlijke) krachten) in zich had. Shinra Saburo Minamoto Yoshimitsu (1045-1127), generaal in het leger van de clan, was een Sumo kampioen (yumitori).
Hij structureerde de technieken, zo dat er voor het eerst sprake was van een systeem en schiep zo een school. Yoshimitsu werd wel Saburo Daito genoemd, omdat hij in het Daito-huis woonde.
Toen hij een school stichtte noemde hij deze dan ook de Daito-ryu (ryu = school). De stijl van de school werd Aiki jiu-jitsu genoemd. Zijn oudste zoon die de school leidde verhuisde naar het dorp Takeda, in de provincie Kai. Dit was aanleiding om de familienaam te veranderen in Takeda. Door diverse omstandigheden is de Takeda-clan verslagen (1573) bij de slag bij Nagashino. – De beroemde Japanse regisseur Akira Kurasawa maakte een mooi epos over de teloorgang van de Takeda-clan in de film Kagemuscha (schaduwkrijger).-
De overgebleven familieleden moesten hun bezittingen opgeven en zijn naar een bevriende clan (de Aizu) op het noordelijke eiland Hokkaido verhuisd. De Daito-ryu verhuisde mee. Het was in die tijd gebruikelijk technieken alleen binnen de clan te doceren of aan voorname overheidsbekleders van leger en justitie. Deze geheimhouding duurde tot na 1900.
Onder de 30.000 (geregistreerde) leerlingen was Morihei Ueshiba, de latere grondlegger van het aikido.
Heden ten dagen is de hoofdzetel van de Daito-ryu nog steeds op Hokkaido, bij de Takeda-familie. In 1993 is het toenmalige hoofd van de Daito-ryu, Tokimune Takeda (de zoon van Sokaku Takeda) overleden. Er was binnen de familie geen opvolger voorhanden om de school technisch voort te zetten. Tokimune Takeda heeft daarom Katsuyuki Kondo, in Tokyo, aangesteld als hoofdmeester (Soke Dairy) van de school.
Er zijn vele stijlen en scholen die sterk zijn beïnvloed of zijn ontstaan uit de Daito-ryu. Zo ontving Morihei Ueshiba (de latere grondlegger van het Aikido) twee van de drie lesbevoegdheden en stichtte een eigen dojo. In de jaren 1920/1930, toen Ueshiba hoofdzakelijk les gaf in Daito-ryu Aiki jiu-jitsu, stuurde Jigoro Kano, de grondlegger van het judo, een aantal van zijn topmensen naar Ueshiba voor onderricht.
Één van deze leerlingen was Minoru Mochizuki. Op zijn beurt kreeg hij, na jaren van trainen, van Ueshiba een lesbevoegdheid in het Daito-ryu Aiki jiu-jitsu.Naast judo en aiki jiu-jitsu was Mochizuki ook expert bij de beroemde klassieke zwaardschool Tenshin Shoden Katori Shinto-ryu. Toen Mochizuki zijn eigen weg ging doceerde hij deze Budotakken, met een sterk eigen visie. Hij noemde zijn school Yoseikan Shinto-ryu.